此书采用“目随纲举”编写体例，故以“纲目”名书。

以《证类本草》为蓝本加以变革。序例(卷1、2)相当于总论，述本草要籍与药性理论。

卷1“历代诸家本草”，介绍明以前主要本草41种。

次辑录明代以前有关药物气味阴阳、五味宜忌、标本阴阳、升降浮沉、补泻、引经报使、各种用药禁忌等论述，其中又以金元诸家之论居多。

卷3～4为“百病主治药”，沿用《证类本草》“诸病通用药”旧例，以病原为纲罗列主治药名及主要功效，相当于一部临证用药手册。

卷5～52为各论，收药1892种，附图1109种。其总例为“不分三品，惟逐各部；物以类从，目随纲举。”其中以部为“纲”，以类为“目”，计分16部(水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人)60类。

各部按“从微至巨”、“从贱至贵”，既便检索，又体现出生物进化发展思想。部之下为60类，各类中常将许多同科属生物排列在一起。各药“标名为纲，列事为目”，即一药名下列8个项目(即“事”)。

其中“释名”列举别名，解释命名意义；“集解”，介绍药物出产、形态、采收等；“辨疑”(或“正误”)，类集诸家之说，辨析纠正药物疑误；“修治”，述炮炙方法；“气味”、“主治”、“发明”，阐述药性理论，提示用药要点，其下每多作者个人见解；“附方”，以病为题，附列相关方剂。

李时珍(约1518～1593)明代杰出医药学家。字东璧，晚号濒湖山人。蕲州(今湖北蕲春)人。世业医，父言闻，有医名。幼习儒，三次应乡试不中。师事顾日岩，读书十年。受家庭熏陶，兼好医书，遂精医药。已佚医著有《三焦客难》、《命门考》(或以为实系一书)、《五脏图论》、《濒湖医案》、《濒湖集简方》等。